ALT č retta da un Consiglio Direttivo che amministra l'Associazione, ne nomina i dipendenti e ne compila il Regolamento.
Il Consiglio Direttivo, inoltre, elegge nel suo ambito un Presidente che ha la rappresentanza legale dell'Associazione.
Il Consiglio č convocato dal Presidente e deve riunirsi almeno una volta all'anno per la formazione del rendiconto annuale da sottoporre all'approvazione dei Soci e del preventivo per l'anno successivo.
Il Comitato Scientifico di ALT č composto da personalitą di riconosciuta competenza e fama nel campo della fisiopatologia della trombosi, della cardiologia, della neurologia, dell'angiologia, della chirurgia generale e specialistica e dell'oftalmologia, nominate dal Consiglio Direttivo.
Il compito del Comitato Scientifico, che si riunisce su iniziativa del Presidente, č quello di formulare pareri sulla validitą e sulla prioritą dei programmi di ricerca scientifica, esprimere valutazioni intermedie e conclusioni sulle ricerche finanziate.